FortiGateのIPv6ですが、IPv4と同じように利用することが可能です。
https://docs.fortinet.com/document/fortigate/6.0.0/handbook/627352/ipv6

ファイアウォールや、ルーティング、UTM機能など
FortiGateの主機能について、問題なく利用可能となります。