1台のスマートフォンのFortiTokenMobileで、複数のシリアルを登録することは可能です。

■前提条件として、
FortiTokenのライセンスはユーザ毎に購入する必要があり、またFortiTokenは、FortiGateと紐づけて利用する形になります。
1台に紐づけると、ほかのFortiGateに紐づけることができなくなります。
そのため、2つのFortiGateに紐づける場合、1ユーザあたり2つのFortiTokenが必要になります。